הגרעין פנה למחלקת ההתיישבות של הסוכנות היהודית, שהייתה אז אחראית על הקמת הישובים, כדי להקצות קרקע להקמת נחליאל. הוצעו מספר אתרים, אך רובם התבררו כלא מתאימים – אם בשל אפשרות מוגבלת להרחבה ואם בשל הטופוגרפיה. אתר אחד כזה היה מעל ראס כארכר / צומת הדואר, בו נמצא היום הישוב שדה אפרים.
התהליך לקח זמן רב עד שנמצא מיקומו הנוכחי של נחליאל – אחד השטחים הגדולים של אדמות מדינה, שיכול לכלול כמה אלפי בתים.
משרד המשפטים היה אחראי לקבוע היכן ניתן להקים ישוב והיכן לא. המשפטנית שעסקה באדמות המשוחררות הייתה גב' פליאה אלבק (אחותו של הרב נבנצל שליט"א, רב העיר העתיקה בירושלים). ברשותה היו רוב המפות הירדניות שנתפסו במלחמת ששת הימים, המציגות את מה שנחשב "אדמה פרטית" ומה שהוגדר כ"אדמות מדינה".
הישוב נבנה בתחילה על ידי מחלקת בינוי של הצבא כמאחז נח"ל, אך בשל הפוליטיקה של אותה תקופה הפך לישוב אזרחי עוד לפני השלמתו. במסגרת ההסכם בין מפלגת העבודה לליכוד, בהקמת ממשלת האחדות הלאומית בראשות שמעון פרס ויצחק שמיר, היו אמורות לקום 9 התנחלויות באישור – כולל נחליאל.